科研不掉发快来这个地表最强的生信神仙网站中国银河生信云平台 立即访问https://usegalaxy.cn最佳Galaxy生信云平台教程从入门到精通图文版转录组分析流程和工具大全最强总结全网最佳WGCNA分析教程一键完成卵巢癌为何易腹腔广泛转移、治疗效果不佳肿瘤细胞与微环境的空间互作如何驱动转移进程一直是临床与基础研究的核心问题。2026 年 3 月 17 日Cell Reports Medicine刊发华中科技大学同济医院等团队的研究绘制卵巢癌空间肿瘤演化全景揭示缺氧与免疫压力下的达尔文式演化路径及促转移三元细胞群。今天我们就来拆解一下这篇生信文章Spatial tumor evolution panorama of ovarian cancer研究概述本研究整合多组学与空间转录组技术构建STARLETS分析框架解析高级别浆液性卵巢癌HGSOC多部位转移的空间肿瘤-宿主互作规律鉴定驱动转移的SPP1巨噬细胞、MMP11肌成纤维样癌相关成纤维细胞、上皮细胞三元细胞群证实SPP1-CD44轴可作为治疗靶点且 SPP1巨噬细胞可预测溶瘤病毒与 PARP 抑制剂治疗响应。实验设计1. 临床样本纳入 6 例转移性 HGSOC 患者采集输卵管、卵巢、大网膜、远处转移灶及腹水样本均为未接受术前治疗的新鲜组织。2. 组学数据生成约 60 对全基因组与 RNA 测序数据、100 例单细胞样本、250 万个空间转录组ST位点结合既往已发表多组学数据整合分析。3. 实验验证开展体外细胞功能实验、小鼠体内移植实验、多重免疫组化、uDISCO 三维成像、SHG 成像等。4. 临床队列验证结合 OPTIONS-01溶瘤病毒、NANTPARP 抑制剂临床试验单细胞数据进行疗效关联分析。研究结果图 1从批量与单细胞水平构建转移性 HGSOC 全景图谱明确不同转移部位的突变特征、细胞类型富集与通路活性差异。图 2证实 SPP1巨噬细胞富集于远处转移灶在肿瘤内形成类胰岛结构具备促转移表型。图 3发现 MMP11 myCAF 富集于转移灶定位于肿瘤-基质边界参与细胞外基质重塑与上皮间质转化。图 4整合分析鉴定出 6 种上皮细胞亚群揭示肿瘤可塑性受微环境细胞邻近关系调控转移过程中出现 M1-免疫反应向 myCAF-上皮间质转化的空间互作转换。PART 4: G GO:CELL MIGRATION HYPOXIA EPI IN SITU VYPOXIA图 5基于 STARLETS 框架揭示缺氧与免疫压力介导的两轮达尔文式克隆选择HLA 杂合性缺失助力肿瘤免疫逃逸。图 6确认转移灶与腹水中存在 SPP1巨噬细胞/上皮细胞/MMP11 myCAF 三元细胞群靶向 SPP1-CD44 轴可解离该结构并抑制体内转移。图 7证实 SPP1巨噬细胞丰度可预测溶瘤病毒与新辅助 PARP 抑制剂的临床治疗响应。数据分析生信分析1. 全基因组测序WGS• 流程数据质控 →BWA-mem 比对 →GATK 检测体细胞 SNV/INDEL→TitanCNA 分析拷贝数变异 →LOHHLA 分析 HLA 杂合性缺失 → 肿瘤细胞分数CCF计算 → 新抗原预测。2. RNA 测序RNA-seq• 流程数据质控 → 序列比对 → 基因定量 →ssGSEA 分析通路活性 →TCGA 分子亚型注释 → 生存分析。3. 单细胞 RNA 测序scRNA-seq• 流程数据质控 → 批次校正 → 细胞聚类 → 细胞类型注释 → 拟时序分析 →RNA 速率分析 → 单细胞拷贝数分析Numbat→ 细胞类型富集分析。4. 空间转录组ST• 流程数据质控 →Cell2location 细胞类型反卷积 → 空间自相关分析 → 空间邻域检测MistyR→ 空间拷贝数分析InferCNV→ 空间拟时序分析 → 配体-受体互作分析CellPhoneDB。5. 多组学联合分析• 流程整合 WGS/scRNA-seq/ST 的克隆信息 →STARLETS 框架构建 → 空间克隆演化轨迹解析 → 肿瘤-微环境空间互作关联分析。统计分析采用 Wilcoxon 秩和检验、卡方检验、学生 t 检验比较组间差异使用广义线性混合模型分析细胞类型富集与临床特征关联采用 Benjamini-Hochberg 法校正多重检验通过 Kaplan-Meier 法进行生存分析log-rank 检验差异。总结研究意义1. 构建卵巢癌多部位转移的空间演化全景阐明缺氧与免疫压力驱动的达尔文式克隆选择机制。2. 鉴定促转移三元细胞群提出 SPP1-CD44 轴作为潜在治疗靶点。3. 建立 STARLETS 多组学整合分析框架为肿瘤转移演化研究提供新方法。4. 证实 SPP1巨噬细胞可作为溶瘤病毒、PARP 抑制剂治疗的预测标志物助力卵巢癌精准治疗。文章复现原始数据基因组序列归档库人类库• HRA004306HGSOC WGS 数据• HRA004335HGSOC RNA-seq 数据• HRA002924HGSOC scRNA-seq 数据• HRA003236HGSOC ST 数据• HRA002767、HRA003489既往发表数据代码仓库• Zenodohttps://doi.org/10.5281/zenodo.18552334中国银河生信云平台精品课程中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于生信平权。海量云端算力、8000生信工具结合AI推动生信进入3.0时代数据分析从本地到云端从手工到 AI。生信3.0时代交流群加入免费领取学习资料。左手代码右手云平台。特色生信培训助你丝滑发顶刊单细胞数据分析培训班Python/Galaxy可选不怕学不会转录组数据分析实战Galaxy| 直播回放咨询小助手usegalaxy